常熟理工学院最好的专业包括以下几个：
1. 新能源科学与工程：被评为A++等级，全国排名第1，属于中国顶尖应用型专业。
2. 自动化：同样被评为A++等级，全国排名第1，属于中国顶尖应用型专业。
3. 食品质量与安全：也是A++等级，全国排名第1，属于中国顶尖应用型专业。
4. 电子信息工程：A++等级，全国排名第1，属于中国顶尖应用型专业。
5. 机械工程：A+等级，全国排名第2，属于中国顶尖应用型专业。
6. 生物工程：A+等级，全国排名第2，属于中国顶尖应用型专业。
这些专业在教学质量、专业排名和学生认可度上都有非常出色的表现，可以认为是常熟理工学院的优势和特色专业。
常熟理工最厉害三个专业
常熟理工学院最厉害的三个专业如下：
1. 新能源科学与工程：在多个来源中被提及为常熟理工学院的王牌专业之一，并且在应用型专业排名中全国排名第1，被评为6星级中国顶尖应用型专业。
2. 自动化：同样被多个来源列为常熟理工学院的王牌专业，应用型专业排名中全国排名第1，被评为6星级中国顶尖应用型专业。
3. 食品质量与安全：也是常熟理工学院的王牌专业之一，在应用型专业排名中全国排名第1，被评为6星级中国顶尖应用型专业。
这三个专业在教学质量、专业实力以及就业前景方面都具有很高的评价和认可度。
常熟理工学院王牌专业
常熟理工学院的王牌专业包括但不限于以下几个领域：
1. 自动化：自动化专业是国家级一流本科专业建设点、国家级特色专业，教育部“国家卓越工程师教育培养计划”试点专业，以及“十二五”教育部综合改革试点专业。该专业在全国同类高校中率先通过工程教育专业认证，毕业证书具有国际认可度。
2. 新能源科学与工程：新能源科学与工程专业在全国排名第一，被评为A++等级，属于中国顶尖应用型专业。
3. 食品质量与安全：食品质量与安全专业同样在全国排名第一，被评为A++等级，属于中国顶尖应用型专业。
4. 电子信息工程：电子信息工程专业在全国排名第一，被评为A++等级，属于中国顶尖应用型专业。
5. 机械工程：机械工程专业在全国排名第二，被评为A+等级，属于中国顶尖应用型专业。
6. 生物工程：生物工程专业在全国排名第二，被评为A+等级，属于中国顶尖应用型专业。
7. 数学与应用数学：数学与应用数学专业被评定为国家级一流本科专业，在全国排名第一，被评为A++等级，属于中国顶尖应用型专业。
8. 计算机科学与技术：计算机科学与技术专业在全国排名第63位，被评为A+等级，属于中国顶尖应用型专业。
9. 材料科学与工程：材料科学与工程专业在全国排名第六，被评为A+等级，属于中国顶尖应用型专业。
10. 车辆工程：车辆工程专业在全国排名第13位，被评为A+等级，属于中国顶尖应用型专业。
这些专业不仅在教学质量上具有优势，而且在就业率和薪资待遇方面也表现优异，是常熟理工学院的王牌专业。
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